南云海军中将现在的忧虑与航行问题无关，那是舰长们的职责。他相信舰队21位久经沙场的舰长，更擅长航行技术。南云现在萦绕心头的问题是他的两项使命：寻找机会与美国航空母舰特混舰队决战要求部队机动；掩护进攻中途岛又要求部队在固定的时间和固定的地点向进攻中途岛的日本陆军提供空中支援。这二者相互冲突，如何协调?如果行踪暴露，美国航空母舰在附近设伏待机，乘机动部队空袭中途岛之时，由侧翼出击，又如何对付?美国航空母舰究竟在何处?没有人能给予肯定回答。派往珍珠港侦察的水上飞机因故不能启航；巡逻线上的潜艇没有发回有价值的情报；靠航空母舰上使用矮天线的无线电无法窃听美军通讯；而山本因为要保持无线电静默不能通报情况。只有军令部断定美国航空母舰还在几千公里以外的珊瑚海，这使南云得到宽慰。美国航空母舰即令不在珊瑚海，也可能在1000海里外的珍珠港，闻讯赶到中途岛参战，应在3天以后。幕僚们的分析，使南云得到进一步宽慰。