对于朱棣的这种安排，三子朱高燧没有什么不满，老老实实地去了北京，并且据史料记载朱高燧在镇守北京的时候干得还挺不错的，史称“上有以宣朝廷之恩，下有以安邦域之大。”而次子朱高煦就不一样了，对于朱棣的这种安排很是不高兴，在得知自己的封地在云南之后，更是觉得让自己去云南简直是在流放自己，坚持不去封地，一定要留在南京。朱棣在立储时最后没有选择自己所喜爱的次子朱高煦，之后可能是出于对朱高煦失信的愧疚，使得朱棣十分纵容朱高煦，最终就默许他留在南京了。而朱高煦从朱棣的举动中看到了机会，看来当太子还有戏啊，于是朱高煦继续向大哥朱高炽的太子之位发起了进攻。
特别是徐皇后于永乐五年（公元1407年）去世，本来徐皇后特别欣赏朱高炽这个大儿子，她活着的时候经常在朱棣面前袒护朱高炽，稳住了朱高炽的地位，现在随着徐皇后这个给力队友下线，再也没有人能压制住朱高煦和朱高燧了，所造成的后果就是“两王合而间太子，帝颇心动”，老二老三合起来要对付老大，对朱高炽来说，是真的乌云压顶了。
文官集团是朱高炽最重要的支持力量，朱高煦和朱高燧也视其为眼中钉，欲除之而后快。因而在永乐一朝前期，大批太子东宫的属官和朝中支持太子的官员不断被朱棣逮捕下狱，如解缙、三杨、蹇义等，在永乐朝没有被皇帝进诏狱“同窗”过的官员都不好意思说自己是“太子党”。其中包括解缙在内的不少官员甚至被迫害致死，起因大多就因为四个字：“以汉王谮”，就是说这都是朱高煦向朱棣打小报告的。大批忠于太子的官员被捕被杀，无疑导致太子一方人心惶惶，朱高炽面临的压力可想而知。而打击文官集团只是朱高煦的第一步，他的更深层次目标是打击朱高炽本人，朱棣在位期间经常外出征战，所以太子朱高炽经常留守京师（南京）监国，距离是异地恋的最大敌人，父子也一样。而这对朱高煦来说真是天赐良机，他经常借机诬陷朱高炽。