安布罗斯得知皇帝下达了大屠杀的命令后，心中充满悲愤和痛苦，躲到乡下去独自忧伤，不愿与狄奥多西见面。大主教知道自己保持沉默是软弱的表现，在众口铄金之下，会使他成为罪恶的帮凶，于是在他写给皇帝的私人信函中，表达出狄奥多西所犯罪行的严重，并告诉他只有彻底悔改的眼泪才能洗涤自己的罪孽。安布罗斯会因宗教的热忱而激动，也能保持审慎的作为，认为这是上天对他的启示，[1974]要他用间接的方式，将皇帝暂时逐出教会。他警告狄奥多西不能用自己的名义献祭，或是当他的面祭神。他劝导皇帝要限制自己的行动，专心一意地祈祷，不要妄自接近基督的祭坛，也不要用沾满无辜人民鲜血的双手，去接受圣餐。皇帝受到教父的影响，反省自己的过错，对因自己一时的震怒而引起的无法挽回的暴行已经深感悔恨。有一次，他在万分悲痛之余，仍和往常一样前往米兰大教堂参加礼拜活动。当他走到教堂门口时，大主教拦住他，用上帝使者的口气和语言对君王说道，仅是私下的忏悔不足以偿还公开犯下的罪行，很难平息神灵被激怒的义愤。狄奥多西很诚挚地表示，要是说他所犯下的杀人罪行罪不可赦，那么最为神所喜爱的大卫，他所犯的罪不仅是谋杀，还有通奸。[1975]无所畏惧的安布罗斯回答：“你学大卫那样犯罪，那么也要像他一样忏悔。”在接受严苛的赔偿和赎罪条件之后，狄奥多西皇帝进行了公开的忏悔，这是教会历史中最光荣的事件。